Вобщем-то, обновление прошло нормально, но есть несколько моментов, на которые необходимо обратить внимание. По порядку:

0. Выключаем rtorrent, также проверяем, чтобы он не подымался скриптом. Я делаю так:

/etc/init.d/rtorrent stop
cd /etc/init.d/
mv rtorrent _rtorrent

После всех операций по обновлению переименовываем обратно.

1. libtorrent Все как обычно, подробно описано в статье по установке - скачиваем, распаковываем, компилируем, устанавливаем. Новая версия потребовала новых зависимостей - пакеты libcppunit-1.12-1 и libcppunit-dev. Установим их

sudo apt-get install libcppunit-dev

2. rtorrent Обновление прошло без запинок. Запускаем в шелл rtorrent и смотрим, обновились ли версии libtorrent/rtorrent.

3. rutorrent Обновляем из svn до версии 3.3:

cd /var/www/rutorrent svn up

4. Плагины rutorrent Так же обновляем из svn:

cd /var/www/rutorrent/plugins svn up \

• С обновлением все. Но возник еще один момент, требующий дополнительного разбирательства. В предыдущей версии, был глюк с созданием папки при добавлении торрента. Для решения этой проблемы в rtorrent.rc добавлялась следующая строка:

  system.method.set_key=event.download.inserted_new,create_struct,\ "d.open= ; f.multicall=default,\"execute={sh,/home/rtorrent/creator.sh,\ $f.get_frozen_path=}\""

а так же небольшой скрипт. В новой версии вроде бы это уже не работает, - папки создаются нормально в штатном режиме, поэтому это строку надо закаментировать.

UPDATE 20.10.2011

Да, проблема появилась вновь - фильмы, содержащие структуру папок, не стартуют из-за невозможности создать папку с названием фильма.

UPDATE 22.10.2011

С помощью уважаемого Novik-а проблема разрешилась - нужно убрать из этой строки подстроку default, и в новом виде это будет выглядеть как

system.method.set_key=event.download.inserted_new,create_struct,  
"d.open= ; f.multicall=,\"execute={sh,/home/rtorrent/creator.sh,$f.get_frozen_path=}\""

Спасибо Novik!